東欧に潜入している
ＣＩＡ情報員のリスト「ＮＯＣ」が盗まれ、
その情報の買い手と、プラハの米大使館員を
捕らえよとの指令が飛んだ。

イーサン・ハント率いるＩＭＦのメンバーは
任務に取り掛かるも、
仲間の殆どが殺されてしまう。

生き残ったイーサンはCIAに連絡を取り、
今回の作戦が内通者を
あぶり出す為のものだったことを知る。

疑われたのは生き残ったイーサンだった…。